Особо следует отметить использование в книге приказов начальника острова Кононовича, за которым установилась (не только в официальных кругах) репутация гуманного, интеллигентного человека. Заведуя 18 лет Карийской каторгой, он попадал порою в немилость начальству за допускаемые «послабления государственным преступникам» (ЦГАОР, ф. 122, оп. 1, ед. хр. 198).
Отзывы о Кононовиче, доходившие до Чехова, были весьма пестрыми. В письмах Чехову Р. О. Чагина (18 и 20 апреля 1890 г.) и К. Шишмарева (ГБЛ) говорилось о тупости, формализме, мании величия и мелочности Кононовича. По мнению же В. Г. Короленко, Кононович человек «в высшей степени честный и справедливый», но грубоватый (ГБЛ). Д. Кеннан, как напомнил в книге Чехов, отозвался о Кононовиче восторженно. И личные впечатления автора «Сахалина» были (особенно на первых порах) вполне благоприятны («интеллигентный и порядочный человек»), быть может, не без влияния радушия и гостеприимства, которые оказал ему начальник острова (письма Суворину от 11 сентября 1890 г., Кононовичу от 19 февраля 1891 г.). Однако изучение сахалинской жизни, официальных документов (в частности, приказов начальника острова), видимо, поколебало первоначальное впечатление; в очерках появились иронические интонации по адресу Кононовича. По мере приближения к финалу заметна тенденция обнаружить противоречия между словами и делами Кононовича: его неверие в сельскохозяйственную колонизацию и — настойчивая реализация этой идеи; «отвращение к телесным наказаниям» — и широкое применение их на острове (см. варианты к стр. 153-154, 321, 339).
Работая над очерками, Чехов из писем своих корреспондентов узнал о ревизии на Сахалине, обнаружившей множество серьезных злоупотреблений, растрат, хищений, то есть тех «преступлений по должности», которые в своей «Записке…» (1891 г.) отмечал сам Кононович (ЦГА РСФСР ДВ, оп. 1, ф. 702, ед. хр. 155, л. 12). И хотя лично Кононович не был виновен и с помощью А. Н. Корфа, хлопотавшего перед министерством (там же, 1133, оп. 1, ед. хр. 556, лл. 2–3), ему удалось оправдаться, но как начальник острова он нес ответственность за все, и ему в 1893 г. было предложено уйти в отставку.
Передавая в «Острове Сахалине» содержание приказов Кононовича, цитируя или упоминая их, Чехов выразил свое критическое отношение к этим документам, сомнение в гуманности решений и действий начальника острова. Всего отсылок к приказам Кононовича около 30, все они определились уже в черновой рукописи и (за редким исключением — см. варианты к стр. 279) остались при подготовке печатных изданий.
Чехов имел все основания возлагать ответственность за положение на Сахалине не только на начальника Главного тюремного управления Галкина-Враского, начальника острова Кононовича и сахалинских чиновников, но и на генерал-губернатора Приамурского края Корфа, слывшего гуманным человеком, жаждущим добра своему краю, покровительствующему даже тем, кто предает гласности жизнь на русской окраине. Корф и сам выступал в газетах и на заседаниях Географического общества с сообщениями о Приамурском крае, с призывами содействовать заселению его необжитых мест (см., например, «Новое время», 1888, № 4361, 19 апреля).
Чехов подошел к Корфу с той же мерой, что и к Кононовичу. Сопоставив его благие намерения и реальные их осуществления, обнаружил резкие противоречия, бросавшиеся в глаза и некоторым местным корреспондентам (см. «Владивосток», 1890, №№ 25, 41, 42, 24 июня, 14 и 21 октября). Начальник Приамурского края, гуманный и благородный человек, пять лет не был на острове, а теперь, на основании беглого осмотра приукрашенных к его приезду тюрем и поселений, делает заключение о «значительном прогрессе», превосходящем все ожидания.
Чехов не знал, что в пору его работы над «Островом Сахалином» Корф в докладе министру внутренних дел выразил сомнение, что остров Сахалин можно «обратить в земледельческую колонию» (ЦГА РСФСР ДВ, ф. 702, оп. 1, ед. хр. 155, лл. 91, 100), но со слов Корфа он еще на Сахалине записал: «Сельскохозяйственная колония преступников на острове неосуществима», и вместе с тем был свидетелем того, как упорно стремились реализовать идею сельскохозяйственной колонизации под его руководством.
Создавая документально-художественные очерки, в которых факты, цифры безукоризненно точны, Чехов последовательно (от черновой рукописи до подготовки текста к собранию сочинений) сокращал объем справочного материала. Его указания на источник совершенно верны, но порою в процессе работы он отказывался от полной ссылки, иногда называл лишь фамилию известного исследователя, путешественника, сжимал цитатный материал или отправлял в сноску некоторые специальные сведения.
От этого последовательного сокращения справочного аппарата в книге все рельефнее выступали конкретные авторские наблюдения, лица, сцены, эпизоды из сахалинской жизни, то есть все то, что составляло, условно говоря, «художественную часть» книги, которая также не оставалась неподвижной, подвергалась изменениям. Разнообразны формы использования в «Острове Сахалине» материала, добытого самим автором и другими лицами — исследователями, путешественниками, газетными корреспондентами. Чехов то ограничивался библиографической ссылкой на специальные сочинения, не считая себя компетентным в этом вопросе, то, не претендуя на самостоятельное решение какого-нибудь вопроса, как бы проверял свои немногие наблюдения фактическими данными, характеристиками, выводами авторитетных исследователей — этнографов., путешественников (Л. И. Шренка, И. Ф. Крузенштерна, Н. К. Бошняка и др.). При этом Чехов нередко создавал и портреты самих исследователей — Невельского, Бошняка, Н. В. Рудановского, И. С. Полякова, Н. В. Буссе.