Полного спокойствия, впрочем, быть не могло — журнал в конце ноября получил предупреждение за статьи М. М. Ковалевского, В. И. Семевского и В. Л. Гольцева по социологическим вопросам (ГИАМ, ф. 31, оп. 3, ед. хр. 321). В этих условиях тревога не покидала и Чехова, подготавливавшего очередные главы к публикации в «Русской мысли». В декабре 1893 г. он читал корректуру для февральской книжки журнала, в феврале — для мартовской (см. письма к Гольцеву от 28 декабря 1893 г. и к А. А. Попову-Монастырскому от 14 февраля 1894 г.). Автор послал исправленную корректуру и для апрельского номера, но, как извещал его Гольцев, глава в журнал «не попала, зато попало „Опровержение“ общества „Сахалин“ на данную Чеховым характеристику этого общества в VIII главе» (см. примечания к стр. 135–137, 137–138).
В июле 1894 г. Чехов читал «последнюю корректуру и для журнала и для книги» (письмо к Суворину от 11 июля 1894 г.). Предполагалось, что сразу же после окончания журнальной публикации «Остров Сахалин» выйдет отдельным изданием (см. письма к Суворину от 26 июня и Попову-Монастырскому от 13 июня и 22 июля 1894 г.). Но главы XX–XXI не были разрешены цензурой. Узнав об этом, Чехов просил Гольцева прислать «оттиск двух последних, цензурою не пропущенных глав», с тем, чтобы «жаловаться в Главное управление», и затем, если из управления придет отказ, в Сенат (письмо от 4 сентября 1894 г.). Гольцев тотчас же послал Чехову гранки и выразил сочувствие его желанию «воевать» за «Сахалин» (сентябрь 1894 г.). Однако жалоба, по-видимому, не была послана (в архивах нет документов) — надо полагать, потому, что Чехов надеялся на выпуск «Сахалина» отдельной книгой и боялся помешать этому. «Мои путевые записки, — писал он через несколько лет, — печатались в „Русской мысли“, все, кроме двух глав, задержанных цензурой, которые в журнал не попали, зато попали в книгу» (С. А. Петрову, 23 мая 1897 г.).
Для отдельного издания книги Чехов в продолжение второй половины 1894 г. и начала 1895 г. подготавливал главы I–XIX, напечатанные ранее в «Русской мысли» (вносил небольшие изменения), и главу XXII, опубликованную в сборнике «Помощь голодающим». Лаврову он сообщал 17 марта 1895 г., что «скопировал» эту главу из сборника. Но это неточно: глава подверглась тщательной обработке. В те же месяцы Чехов исправил корректуру глав XX–XXI и XXIII, не вошедших в журнал (см. письма к Гольцеву от 13 ноября 1894 г. и к Лаврову от 17, 19 марта 1894 г. и 9 апреля 1895 г.).
8 мая 1895 г. было дано цензурное разрешение на выпуск «Острова Сахалина» в издании «Русской мысли». Об этом написал Чехову 9 мая 1895 г. Попов-Монастырский (ГБЛ). 16 июня 1895 г. Чехов известил Суворина, что «Сахалин» пропущен и книга уже поступила в продажу.
Следующий (и последний) этап работы Чехова над «Островом Сахалином» — подготовка его для собрания сочинений. Еще в начале февраля 1899 г., вскоре после подписания договора с А. Ф. Марксом, Чехов писал П. А. Сергеенко, чтоб он «сдал <…> Марксу» «Сахалин», но тут же предупреждал, что редактировать его будет «не иначе как в корректуре» (2 февраля 1899 г.). В мае этого года среди других названных в письме Марксу своих произведений Чехов упомянул «издание „Русской мысли“ 1895 г. „Остров Сахалин“» (12 мая 1899 г.). В разговоре же с Марксом в Петербурге 11 июня 1899 г. он предложил «пока не включать „Сахалин“ в собрание сочинений», так как «это не беллетристика, и книга уже достаточно устарела». В конце года было определено место «Сахалина» — в восьмом томе, после пьес, или же издать отдельно, «как книгу, представляющую самостоятельный интерес» (Ю. О. Грюнбергу, 22 декабря 1899 г.). В следующие годы Чехову еще раз пришлось напомнить, что «Сахалин» должен быть выделен в специальный том. В ответ на письмо Л. Е. Розинера от 3 октября 1901 г., в котором было сказано, что «Сахалин» находится в списке произведений для 10 тома, рядом с рассказами «Человек в футляре», «Крыжовник», «О любви», «У знакомых» (ГБЛ), Чехов отмечал: «„Остров Сахалин“ выйдет особой книгой вне томов, так как это не беллетристика» (8 октября 1901 г.). Через несколько дней Маркс написал Чехову, что «были запросы, в какой из томов войдет „Остров Сахалин“», советовал включить его в собрание сочинений, напоминал, что сам автор хотел напечатать «эти очерки в виде одного из томов сочинений», и высказал свое мнение: «Я считаю „Остров Сахалин“ произведением более беллетристическим, чем этнографическим» (13 декабря 1901 г.).
Чехов ответил 17 декабря 1901 г., что он ничего не имеет против печатания «Острова Сахалина», но просит выделить его в отдельный том и прислать корректуру. «Название X тома будет такое: „Остров Сахалин“». В январе-феврале 1902 г. Маркс сообщил автору, что все сдано в набор, и предлагал приложить к этой книге карту острова, нанеся места, которые упоминаются Чеховым, и обозначить путь его следования по Сахалину (письма от 4 января и от 4, 7 и 14 февраля 1902 г. — ГБЛ). Но, получив письмо (от 8 февраля 1902 г.), в котором Чехов резко отрицательно отозвался о карте 1885 г. («совсем не годится», устарела), Маркс отказался от мысли давать «приложение» к тому десятому (см. его письмо к Чехову от 14 февраля 1902 г. — ГБЛ).
В феврале-марте этого года Чехов, читая корректуру «Острова Сахалина», подверг текст небольшому сокращению, внес немногие изменения и поправки. 16 марта 1902 г. Маркс извещал, что высланы последние листы «на корректуру, и, по получении их обратно подписанными к печати, можно будет в скором времени выпустить X том в свет» (ГБЛ). Через месяц с небольшим, 25 апреля 1902 г., он писал: «Десятый том Ваших сочинений уже вышел из печати, и высланные Вам экземпляры его, надеюсь, Вами уже получены» (ГБЛ).